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Als pharmazeutisches Unternehmen gelten laut deutschem Recht die Unternehmen, die über eine Zulassung oder einer Registrierung verfügen und somit eine Genehmigung haben zulassungs- und registrierungspflichtige Medikamente herzustellen.

Für die Herstellung oder Weiterentwicklung von solchen Medikamenten gelten strenge Qualitätsauflagen, was die pharmazeutischen Unternehmen dazu zwingt ein umfassendes Qualitäts- und Prüfmanagementsystem vorzuweisen.
Denn bevor ein Medikament für den Markt freigegeben wird, muss es in zahlreichen klinischen Studien zunächst im Labor- und Tierversuch und abschließend in Versuchen am Menschen selbst seine Wirksamkeit und seine Unbedenklichkeit nachweisen. Je nach Medikament können sich diese klinischen Studien teilweise sogar über Jahre hinziehen. So verwundert es auch nicht, dass die Kosten für Forschung und Entwicklung bei den Pharmaunternehmen jährlich in die Milliarden gehen.

Bekannte deutsche Pharmaunternehmen sind zum Beispiel Bayer Schering Pharma, Ratiopharm, und Hexal. In Deutschland arbeiten derzeit etwa 115.000 Menschen in Pharmaunternehmen. Die Zahl der Beschäftigten ist seit 1995 leicht rückläufig. Mit Umsätzen, von bis zu 15 Mrd. jährlich pro Pharmaunternehmen, stellen diese einen nicht unbeachtlichen Anteil an der deutschen Wirtschaftsleistung dar.

Kritik wird häufig von Verbraucherschützern ausgesprochen, die bemängeln, dass Pharmaunternehmen nur selten wirkliche Neuerungen auf den Markt bringen, sondern häufig nur leicht abgeänderte Wirkstoffzusammensetzungen als neues Medikament deklarieren und somit an Entwicklungskosten sparen. Auch geben manche Pharmaunternehmen mehr Geld für Werbemaßnahmen als für Forschung und Entwicklung aus.